Huỳnh Thúc Kháng đồng thời là một nhà thơ, một nhà nghiên cứu văn học và lịch sử. Ông còn có nhiều bút danh khác như: Sử Bình Tử, Tha Sơn Thạch, Khi Ưu Sinh, Xà Túc Tử, Thức Tự Dân, Ưu Thời Khách, Hải Âu, Ngu Sơn, Khách Quan... Tác phẩm chủ yếu còn giữ hiện nay là:

• Thi Tù Tùng Thoại
• Lịch sử Phan Tây Hồ tiên sinh
• Thơ văn với thời đại
• Thi văn các nhà chí sĩ Việt Nam (ký Phi Bằng)
• Huỳnh Thúc Kháng niên phố
• Bức thư gởi Cường Đế
• Và rất nhiều thơ chữ Quốc ngữ, chữ Hán có giá trị khác...

Bài thơ Bài ca lưu biệt của ông viết năm 1908, trước khi ông bị đày ra Côn Đảo, từng được lưu truyền rộng rãi trong nhân dân miền Trung thời kỳ Pháp thuộc:

Trăng trên trời có khi tròn khi khuyết,Người ở đời đâu khỏi tiết gian nan.Đấng trượng phu tuỳ ngộ nhi an,Tố hoạn nạn hành hồ hoạn nạn.Tiền lộ định tri thiên hữu nhãn,Thâm tiêu do hứa mộng hoàn gia,Bấy nhiêu năm cũng vẫn chưa già.Nọ núi Ấn, này sông Đà,Non sông ấy còn chờ ta thêu dệt.Kìa tụ tán chẳng qua là tiểu biệt,Ngựa Tái ông hoạ phúc biết về đâu!Một mai kia con tạo khéo cơ cầu,Thảy bốn biển cũng trong vòng trời đất cả.Ư bách niên trung tu hữu ngã,Dẫu đến lúc núi sụp, biển lồi, trời nghiêng, đất ngả,Tấm lòng vàng, tạc đá vẫn chưa mòn.Trăng kia khuyết đó lại tròn!